بعد ذلك, يسيطر الفيروس على آليات (ميكانيزمات) التضاعف Replication Mechanisms الخاصة بخلية العائل. ويجب عند تلك المرحلة التفريق بين القابلية Susceptibility (قابلية خلية العائل للاختراق أو الإصابة بالعدوى) والسماحية Permissibility (سماحيتها للفيروس بالتضاعف داخلها). السماحية هي التي تُحدد الناتج أو الخارج من الإصابة. بعد إحكام السيطرة وبعد أن تصبح البيئة مُهيئة للفيروس أن يبدأ بصنع نسخ من نفسه, يحدث التضاعف سريعا.